La scelta della specie o dei miscugli di cover crop è anche determinata dagli obiettivi che l’azienda agricola vuole raggiungere in funzione della sua tipologia.
Azienda agricola zootecnica: la scelta delle colture di copertura ha lo scopo di valorizzare la sostanza organica apportata mediante la distribuzione dei reflui zootecnici, limitando il più possibile le perdite di azoto. La scelta della specie sarà quindi indirizzata verso specie appartenenti alla famiglia delle brassicacee o delle graminacee, che possono asportare importanti quantità di azoto rese disponibili dalla mineralizzazione della sostanza organica presente nel terreno, e sottrarlo alla lisciviazione.
Azienda agricola non zootecnica: le aziende che non hanno un’elevata disponibilità di sostanza organica e azoto possono indirizzare la loro scelta verso specie leguminose in grado di fissare l’azoto atmosferico e renderlo disponibile per la coltura principale successiva. Le leguminose possono essere utilmente impiegate in miscuglio con una graminacea al fine di sfruttare le caratteristiche positive di entrambe le specie (es. avena-veccia).